Los orgánicos proceden de restos vegetales, las deyecciones de animales o la mezcla de ambos.

Las explotaciones ganaderas son la principal fuente de abono orgánico. Se genera en tal cantidad que son necesarias instalaciones diseñadas especialmente para almacenarlo.

Esta fábrica es una de las más grandes de Europa para la producción de fertilizantes complejos NPK. Fuente: Yara International ASA 2004.

Ambos tipos tienen ventajas e inconvenientes, y bien utilizados se complementan perfectamente. Los abonos orgánicos, aportan cierta cantidad de nutrientes, pero principalmente mejoran las propiedades del suelo. Los abonos minerales, en cambio, aportan gran parte de los nutrientes que necesita la planta de una manera abundante y precisa.

Al proceder de muy distintos restos de origen vegetal o animal, los abonos orgánicos tendrán cada uno diferentes características. Los más utilizados son los de origen animal, posiblemente porque son los que se producen en mayor cantidad.
 
Se llama estiércol al material procedente de la mezcla de cama (paja, viruta, serrín, arena…) y las deyecciones del ganado (vaca, cabra, oveja, caballo, etc.). No se aplica directamente al suelo, sino que se deja fermentar durante un tiempo, bajo unas condiciones controladas. 

Un motón de estiércol, o «basura» como le llaman algunos ganaderos.

Según la especie de procedencia, la cantidad de agua que contenga el excremento y si tienen restos de la cama de los animales, el resultado será bien distinto: un estiércol de caballo, vaca u oveja mezclado con paja,  un purín o abono líquido de cerdo , o  los excrementos de pollos y gallinas, denominado gallinaza tendrán distintos usos y la cantidad y  manera de aplicarlos será bastante distinta.

El mantillo por su parte, se elabora a partir de estiércol y y otras materias orgánicas de buena calidad. Es muy rico en materia orgánica muy descompuesta, por lo que se utiliza para corregir las deficiencias físicas de los suelos, sobre todo en jardinería.
 
Por último tenemos al compost, que es genéricamente el producto obtenido tras la por fermentación controlada de residuos orgánicos. Estos residuos pueden ser el mismo estiércol que hemos visto antes o residuos agrícolas o agroalimentarios, como los restos de podas, restos de algodón o el alpechín que se obtienen al elaborar el aceite de oliva. También se pueden compostar residuos urbanos procedentes de depuradoras o centros de tratamiento de basuras, aunque su uso es limitado por la posible presencia de sustancias no deseadas.
 
También se puede hacer compost de manera doméstica o en el jardín, a partir de de elementos como hojas, hierba cortada, restos de de verduras, frutas, etc. en este caso, se trata de un abono de origen principalmente vegetal.